魔法族の姫サナの故郷を探す旅を続けるシンドバッドとバハル号の仲間達。これまで人間を信じられず孤独を抱えて逃げ続けてきたサナは誰にも秘密を話してこなかったのだが、数々の困難を乗り越えながら続けてきた長い旅を通じて仲間としての信頼関係を築いて来たシンドバッド達に対してついに魔法族の過去とガリプ達に狙われ続ける理由を告げる。これまで謎に包まれていたサナが全ての過去を語った時、サナの故郷を指し示す道がランプに現れる。ランプに示された目指すべき「真昼の夜とふしぎの門」とは一体何なのか…。数々の自然現象が重なり合った時、新たな道がついに開かれるのだが、またもやガリプの一味が巨大な飛行船を従えて襲いかかって来るのであった。最後の決戦に備えるシンドバッドとバハル号の乗組員たちは、約束通りサナを無事に故郷に帰すことができるのか。そして、待ち受けるあまりにも切ない結末とは。シンドバッド3部作の感動の完結編!