1944年9月―、米潜水艦シーヴァイパーの艦長カルペッパーはスマトラ島の近くで撃ち落とされたパイロットの救出をルーズベルト大統領より命令された。上陸部隊は難なくパイロットを救出するのだが、彼らが撃ち落とされる前に空より目撃した情報は衝撃的なものだった。この海域には、いるはずのないドイツの潜水艦らしきものを発見したと言うのだ。このスマトラ諸島は、ドイツの同盟国であり、アメリカが交戦中の日本軍の支配地域である。不穏に感じた艦長は、仲間を艦に戻し、自らは島を偵察することに。一方、艦に戻ったキーナンは艦長不在の中、ライバルであるカッタ―と艦の指揮権で激突する。日本の駆逐艦が巡回する危険海域で、やがて二人の激突はクルー全員の危機へとつながっていく…。