不気味な満月が夜空に浮かぶ、ある夜のおもちゃ工場。そこには宙を舞う“月の幽霊”と死闘を繰り広げる、4人と1匹の姿があった！彼らこそアメリカ中の話題をさらう、フレッド、ダフネ、ヴェルマ、シャギー、そしてグレート・デーン犬種スクービーの〈ミステリー社〉の面々。大騒ぎの末、見事幽霊のトリックを解き明かした彼らだったが、些細なことで仲間割れ！抜群のチームワークで数々の怪奇事件を解決してきた〈ミステリー社〉が解散することに……。それから2年、スクービーとシャギーはのんびりと私立探偵を続けていた。そんなある日、テーマパーク経営者のモンダヴェリアス氏から依頼を受け、南の海に浮かぶ巨大テーマパーク“スプーキー・アイランド”へ招待される。そこで出会ったのは、かつての〈ミステリー社〉の仲間たちだった！モンダヴェリアス氏から「島に遊びにきた若者たちが魂を抜かれたように変貌してしまうという奇妙な現象を調査してほしい」との依頼を受けた彼らは、ギクシャクしながらも島内での調査を始める。次々と待ち受ける謎と事件、緑の息を吐きながら彼らを襲う古代の怪物！そして地下洞窟の青い泉でシャギーが見たものは……！？恐怖に震え上がるスクービーと仲間たち。果たして4人と1匹は謎を解明できるのか～！？