CIAの極秘情報が収録されたデータが流出。データ流出情報を外部に漏らした容疑者を追い極秘捜査をしていたウィーラー(ジャン=クロード・ヴァン・ダム)は、突然、武装集団に襲撃を受け確保され潜水艦に連行された。それはアメリカ海軍の潜水艦だが、内部はテロリストの収容施設に改造され合衆国政府、CIAに存在を黙殺された海底を移動するテロリスト収容所“ブラック・サイト”でもあった。すでに艦内には謎の男マルコ(ドルフ・ラングレン)が幽閉されていた。ウィーラーから極秘情報のデータを開くキーの隠し場所を吐かせようと尋問するCIA職員のエドワード(アル・サビエンザ)。実は、エドワードは流出した極秘データを手に入れ第三国に売り巨額の報酬を得ようと計画していた。ウィーラーは隙をつき取調室から逃げ出したが、エドワードの雇った傭兵たちに追いつめられてしまう。最終手段としてウィーラーは独房に幽閉されたマルコに協力を依頼する。独房から解放されたマルコは、ウィーラーに協力するのだろうか?それとも、彼も極秘データを狙っているのか?今、マルコが放たれたことにより艦内が戦場と化す!果たして、データ流出情報を漏らしたのは誰なのか？そして、戦いの場と化し爆進する潜水艦は無事浮上できるのだろうか？