天才ハッカーのコナーは、ネット上に謎のCICADA3301と名乗る組織が出題した暗号パズルを見つけ解読を試みるが、突如NSA(国家安全保障局)に逮捕される。NSAは謎の組織CICADA3301の正体を暴き逮捕することを目的に、コナーに巨額の報酬を提示し、そのハッキング技術を駆使してCICADA3301をスパイするように交渉してきた。コナーは親友のアヴィ、図書館司書のグウェンの3人で暗号パズルの解読を進めるが、ふたりは謎の組織に命を狙われてしまう。コナーはひとり解読を続行し、遂にCICADA3301主催の極秘パーティに招かれることに。そこで仲間の知られざる素顔、組織の正体、更に驚愕の国家機密が明らかになるー!!