西暦2025年｡ゼブラーマンが正体不明のエイリアンにたった1人で立ち向かい､地球を救ってから15年の月日が流れていた｡東京はゼブラシティと名を変え､警察官は犯罪抑制を名目に朝夕5分間､無条件で民間人を撃ち殺せるというゼブラタイムが導入されていた｡ 市川新市(哀川翔)が路上で目覚めると､けたたましいサイレンとともに白と黒に風景が変貌｡強烈なビートに乗せたゼブラクイーン(仲里依紗)の歌が街中に響き始め､警官が新市に発砲を始めた･･･! 左胸を撃ち抜かれた新市は､市場純市(田中直樹)に助けられ､ゼブラシティの外にある八千代区の｢白馬の家｣へ向かう｡｢白馬の家｣リーダーの浅野晋平(井上正大)は､小学生時代の恩師である新市を見て驚くが､新市は記憶喪失に陥っていた｡ 一方､ヒットチャートで40週連続ナンバー1を達成したスーパーアーティスト"ゼブラクイーン"こと相原ユイは､世界征服という野望を胸に､恐ろしい計画を進めていた･･･｡