17歳になったショーンは謎の島から避難信号をキャッチする。その発信源を追跡するため、彼は義理の父親ハンクをつきそい役にして旅に出た。ふたりはガイドのヘリコプター操縦士ガバチョと、彼の娘のカイラニと共に“嵐の目”を通って島にたどり着く。そこは小さいものは大きく、大きいものは小さいという、想像をはるかに超えた生物たちが生息する“神秘の島”だった！しかし、島はやがて水没し始める。果たして彼らは脱出できるのか……！？