「犯罪都市・新宿」―社会の暗部に目を光らせる警視庁組織犯罪対策部、通称「ソタイ」。その中に、捜査の突破口を切り開くためだけに立ち上げられた特殊セクション「遊撃課」がある。彼らの捜査に私情やモラルは必要とされない。求められるのは検挙率向上の為の孤立無援の強行捜査のみである。遊撃課の刑事・穂高（本宮泰風）は、実態が掴めないヤクザ組織「黒龍会」殲滅の為に休職中の後輩・牛島（阿部亮平）を遊撃課に誘う。最初は戸惑う牛島だったが、穂高の言葉に遊撃課での再起を決意する。遊撃課の捜査で黒龍会の実態が見え始めた矢先、黒龍会に潜入した穂高が何者かに殺されてしまった。