パートナーである望月芽心がゲンナイの姿をした謎の男に傷つけられるのを見て、メイクーモンは再び暴走をはじめる。「お前は生まれてきてはいけなかった…」現実世界へ消えたメイクーモンこそ、歪みそのもの。あまりに大きな力を持ち過ぎた、世界を壊す鍵―西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、真相を明らかにしていく。世界の調和を保とうとするホメオスタシス自身が、今や強大すぎる存在となったメイクーモンを危険とみなし、切り捨てようとしているのだと。暴走するメイクーモンの出現により、現実世界崩壊へのカウントダウンがはじまる。いたる所で次々と異変が発生。歪みを通して現れたデジモンたちは、その時が来るのを待ちうける―選ばれし子どもたちは、変調をきたしたデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻ってきてからも、パートナーデジモンと共にいるがゆえに人々に追われる。一同が孤立無援となりながらも必死に打開策を探る中、ひとり思い悩み続ける芽心。あまりにも大きな荷を負い、打ちひしがれる彼女には、仲間やデジモンたちの声も届かない…そして、過酷な運命は、誰よりも真っすぐで繊細な魂を持つ八神ヒカリのもとにも迫っていた―今、再び冒険が進化する―