ミシシッピー河沿いの小さな町で、おばさんに引き取られて暮らすトム・ソーヤは町一番のワンパク小僧。大の親友の宿なしハックとは最強のコンビだ。ある夜、少年たちは墓場で恐ろしい光景を目撃する。ならず者のジョーが町の医師を殺害し、海賊の宝の地図を奪い取ったのだ。恐怖に一目散で逃げ出す2人。しかし、ジョーが他人に罪をなすりつけたことから、少年たちは勇気を奮い起こし、宝の地図奪取に乗り出す！