植村一也は、沖縄美ら海水族館にやってきたばかりの新米獣医師。調餌(イルカの餌作り)やプール掃除など飼育員の仕事もこなしながらイルカについて知っていく、という館長の方針に基づき植村は獣医にも関わらず飼育員の仕事も忙しくやっていた。忙しい夏休みも終わり仕事も一段落したころ、ビッグマザーと呼ばれる3頭の子を産んだ母イルカのフジに異変が起こっていた。尾びれが壊死していたのだ。原因不明の尾びれの壊死。薬も効かない。このままではフジが死んでしまう。新米獣医の植村は尾びれを切り落とすことを決意した。尾びれの4分の3を失ったビッグマザーフジは一命は取り留めたが、泳ぐことができなくなっていた。館長の知り合いの孫であるミチルという少女は、泳げなくなったフジを見て「泳げないイルカはイルカじゃない」と植村に言い捨てる。ここで再び植村が立ち上がった。再びフジに泳いでもらいたい、フジに宙(そら)を飛んで欲しい。世界初のイルカの人工尾びれ開発プロジェクトが始まった。