この世界には人間の世界とは別に、もうひとつ「バケモノ」たちが住む世界がある。渋谷の街と平行しているバケモノの世界【渋天街〈じゅうてんがい〉】だ。ある日、バケモノ･熊徹に出会った少年･蓮は強さを求め、バケモノの世界へ行くことを決意した。少年は熊徹の弟子となり、九太という新しい名前を授けられる。当初はことあるごとにぶつかり合う2人だったが、いつしか本当の親子のような絆が芽生え始める。少年が逞しい青年となったある日。偶然にも渋天街から渋谷へ戻った九太は、高校生の少女･楓と出会う。新しい世界や価値観を教えてくれる楓との出会いによって、九太は自身が本当に生きるべき世界を模索し始める。そんな時、渋谷と渋天街の2つの世界が危機に陥る。