宇宙を気ままに旅する自称『宇宙一のパイロット』キッド。彼の宇宙船にはある改良を施していた。“パワークリスタル”という地球人の知らない物質を利用して次元空間移動が出来るように自分で改造したのだ。地球からちょうど北極星の方向に22億1534万9331光年の辺り。キッドはこの次元空間移動装置でワープを初めて試していた。しかし、ワープは見事成功したものの原因不明の故障が発生し見知らぬ惑星に不時着してしまうのだった。惑星を探索していると、アザラシのような異星人(ミル)や老科学者(ピット)と出会い、この惑星（ミルキー星）で起こっている奇妙な現象を知る。キッドの宇宙船はその奇妙な現象が原因で墜落してしまったのだ！！キッドは老科学者のピッドに自分の宇宙船が墜落してしまったことを相談すると、何と彼はキッドの宇宙船を 修理することが可能だと言うのである。また旅を続けられることを心から喜ぶキッド。しかし、安心したのもつかの間、ワープ機能実現の肝である“パワークリスタル”が何者かに盗まれてしまい、おまけにミルまでもが連れ去られてしまう。連れ去った犯人を追いかけるすべもなく、キッドは訳が分からず途方にくれる…。しかし、その時ピットのメガネが輝く！ そこでピッドはあるマシンの存在を明らかにする。ピットが制作していた『秘密のマシン』でキッドは“パワークリスタル”泥棒の追撃を開始するのだった。