西暦2030年。水資源は枯渇し、食糧危機により人類の文明は崩壊した。アメリカは国境を閉鎖し、国民を管理する「人民省」を設立。ノア・クロスは「ヒューマン・ハンター」として、政府が指定する排除対象者を「ニュー・エデン」と呼ばれる収容地区に強制移住させる任務に就いていた。ノアに下された新たな指令は、レイチェル・ウェラーという女と息子のルーカスを拘束すること。だが、罪なき母子との出会いは、男の中の何かを変えた。2人を護るため、ノアは政府への反逆を決意。追いすがるエージェント部隊と激闘を繰り広げながら、カナダ国境を目指す。だがその行く手には、原発のメルトダウンにより放射能汚染された禁断の地が広がっている。彼らに未来はあるのか？「ニュー・エデン」の恐るべき正体とは？そして、ノアとレイチェルとルーカス、3人の関係に隠された、ある「秘密」とは？