原作マンガの『約束』というエピソードを元にオリジナルな物語が展開されていきます。原作マンガでは革命家の戦士が難民キャンプに匿われ、ブラック・ジャックはその機材も薬も何もないキャンプの中で革命家に応急処置を施し、いつか必ず完全な治療をしてやる、と約束する。という物語でした。今回のアニメ化では、その革命家を麻薬取引の容疑でユナイツ連邦に逮捕されたオルテガ共和国元首・クルーズ将軍、というふうに変更され、ブラック・ジャックは将軍奪還を目指すオルテガの部下たちとユナイツ連邦の特殊部隊との激しい銃撃戦の中で、将軍を末期癌から救うオペを敢行する、という物語となっています。（原作：手塚治虫）