日米合作映画「フランケンシュタイン対地底怪獣(バラゴン)」の姉妹編。前作で死んだはずのフランケンシュタインが巨大化して山の怪獣サンダと海の怪獣ガイラというクローン兄弟に分裂した。かつて怪物・フランケンシュタインを飼育研究していたスチュワート博士と助手のアケミはその謎を解こうとする。心優しい兄サンダと凶暴な弟ガイラが大都会東京のど真中で死闘を繰り広げる。