海上を漂っていた瀕死の男（マット・デイモン）がイタリア漁船に救われる。語学に堪能で、自己を守るための武術と頭脳に優れている彼だったが、記憶を喪失し、自分の名前や経歴すら思い出せない。唯一残されていた銀行の名前と貸金庫の番号から、スイスへ赴いた。そこには“ジェイソン・ボーン”名義の身分証明書と他にさまざまな国籍のパスポート、大量の現金、拳銃が眠っていた・・