ここはミニモニ。タウンの“ミニモニ。カフェ”。街のみんなに愛される大人気のケーキ屋さん。みんなのお姉さん的存在の店長・矢口と、パティシェのミカ、そしておいしいケーキをこよなく愛するウェイトレスの辻と加護。おいしいケーキを食べてもらうために、可愛い4人が毎日一生懸命頑張っている。そんなミニモニ。カフェも明日で開店2周年。テンヤワンヤで何とか明日のバースディの準備を完了したのだが、夜中に警報機が鳴って大騒ぎ。どうやら何者かが忍び込んできたみたい。矢口とミカが駆けつけてみると、何とケーキをたらふく食べておなかをプクーッと膨らませた辻と加護が身動きとれずにいるではないか!「こらー」と矢口が怒ろうとした時、何やら不思議な粉が降ってきて、5人は「小さなミニモニ。」になってしまった。んっ?5人?ふと見ると、黒い服を着た見知らぬ女の子。「あんた誰?」「高橋です!」さらに、その横には羽をつけた妖精が!一体どうなっているの?どうやら妖精たちに話を聞いてみると、ナカジェリーヌ29世という妖精の女王が魔法でミニモニ。カフェのケーキを石に変えてしまったらしく、さらにその魔法の粉で5人とも小さくなってしまったようだ。ミニモニ。と高橋はナカジェリーヌ29世に魔法を解いてもらうために、ケーキのお城に向かうが、そこには女王ナカジェリーヌ29世の仕掛けた幾つもの罠が待ち受けていた!