カメのDNAウイルスにより半分カメの姿になってしまった4人の女の子。忍者の末裔のもとで修行をすることになった4人は、修行の末にニンジャ・カメガールズとなった。しかし、彼女たちにとっては世界平和よりも元の姿に戻ることが大事で…。