1億3千年前の地球に飛来し、白亜紀の恐竜を滅ぼした宇宙怪獣キングギドラが、再び地球に来襲。モスラは白亜紀へのタイムワープを試みて、キングギドラに対抗しようとするが・・・。平成新モスラ3部作の完結編。