前作『モータル・コンバット』でトーナメントに敗れた、邪悪な魔界の戦士たちが復活する。リュウ・カンをはじめ凄腕の格闘家たちが地球を守るため再び立ち上がる。新しい時代…それは誰のもの？アウト・ワールドにおけるモータル・コンバットの勝利は、地球に平和をもたらすはずだった。だが力に魅入られた邪悪な輩の言葉を信じるなかれ。奴らは魔界と人間界を隔てる扉を開け放ち、このままでは地球は悪に呑み込まれてしまう――今度こそ人類のヒーローが結集し、不屈の闘志と新たな必殺技で、アウト・ワールドの化け物どもに引導を渡さなくては。悪を蹴散らせ！