大学教授キャサリン・ウィンターは奇跡を信じない。今までに彼女が解明できなかった“聖なる”謎は一つもなかった。そんなある日、アメリカ南部の小さな町ヘイブンの教師ダグ・ブラックウェルがキャサリンのもとを訪れ、町の人々が神のなせる業だと信じている一連の不可解な出来事を解明してくれるよう頼む。その小さな町で起きた、一人の少年の不可解な死。そして事件と同時に真っ赤に染まった川の水。それはまるで旧約聖書に登場する“十の災い”の始まりそのもの。その後も立て続けに起こる“十の災い”に酷似した怪奇現象は科学的説明のつかないものばかり・・・。町中を覆い尽くした恐怖と疑惑は、死んだ少年の妹ローレンへと向けられ、そして村人たちは信じ始める。『この少女を葬れば、町は救われる』。さらに、キャサリンの古き友である神父が発した恐るべき警告。『その少女を殺らなければ、世界は終る』。そして、一連の怪奇現象の謎の真相に近づくにつれ、キャサリンはヘイブンに隠された、恐ろしい真相を知ってしまう・・・。