紀元前40年代の古代ローマ。アントニウスがクレオパトラ7世に贈った"世界で最も美しいジュエリー"・・・にを埋め込んだ究極の宝物・・・【クリムゾン・ハート】。それはかつて何者かによって盗み出され、以来、歴史の闇に消え去ってしまった。そして現代。ルビーと首飾りのそれぞれの所有者、アジアの闇社会を牛耳るプラムック(ニルット・シリチャンヤー)と、かつてアルセーヌ・ルパンの相棒だったドーソン(ニック・テイト)は、互いの秘宝を狙い合っていた。プラムックはドーソンを暗殺して首飾りを入手、【クリムゾン・ハート】を完成させた。ドーソンの遺志を継ぎ、ルパン三世(小栗旬)は秘宝奪還を誓う。秘宝のありかは、難航不落の要塞型セキュリティシステム【方舟(ジ・アーク)】。ルパン一味はこの「絶対不可能」なミッションに挑む！