神山飛羽真=仮面ライダーセイバーをはじめとする剣士たちが、その命を懸けて世界を救ってから8年の月日が流れた。飛羽真はかつて剣士たちの戦いに巻き込まれて親を亡くした少年･陸とともに暮らしていた。一方、翻訳家となった富加宮賢人は、立花結菜という女性との結婚を控え充実した日々を送っていた。だがそのころ、剣士たちをめぐって奇妙な出来事が起こり始める。聖剣の持ち主たちがひとり、またひとりと消えてしまったのだ。事件の謎を究明すべく行動を開始した新堂倫太郎の前に突如として現れた、仮面ライダーファルシオン アメイジングセイレーン。アメイジングセイレーンワンダーライドブックに秘められた、恐るべき力とは? 時を経て飛羽真たちを待ち受けていたのは、最大にして最後の苦難だった……!