「神が6日で世界を創造したのなら、私は60分でそれを破壊し、楽園を創造する。」突如姿を現した謎の男エス/仮面ライダーエデンは、賛同する数千人の信者と共に、世界中で大規模な同時多発テロを引き起こす。人々が次々と倒れ、世界中が大混乱に陥る中、エスを止めるべく立ち上がる飛電或人。不破諫、刃唯阿、天津垓、さらに滅亡迅雷.netの迅、滅も、仮面ライダーとなり敵と戦いながら真相を究明しようと奮闘する。果たして、圧倒的な強さを見せるエスの正体とは。エスが作り上げようとする楽園とは、いったい何を意味するのか?人間とAIの垣根を越えて、60分で世界を救い出せ！