「発動篇」はTVシリーズ後半を編集したものに新作部分を加え、TVシリーズではカットされた「真の結末」を描いている。それまでの巨大ロボットが、人間の科学が生み出したものであるのに対し、「イデオン」は不可解で制御不能な「神」のような存在として描かれている。伝説の「イデ」が発動したときなにが起きるのか？