ズボラながら頭脳明晰、左腕を三角巾でつるした当麻紗綾(戸田恵梨香)と肉体派で単純男の瀬文焚流(加瀬亮)。この2人は公安部公安第五課未詳事件特別対策係、通称"ミショウ"に属し、「未来予知」「念動力」などのスペックを駆使する犯罪者に立ち向かっていた。地居(城田優)、冷泉(田中哲司)、サトリ(真野恵里菜)などの数々のスペックホルダー、そして「時をとめる」最強の能力者、宿敵ニノマエ(神木隆之介)との死闘に勝利をおさめた当麻ら。しかし、スペックホルダーたちは国家を揺るがすほどの存在となっていく。人類の中枢を担う権力者たちは、スペックホルダーを殲滅するため、"シンプルプラン"を実行に移そうとしていた。それに対し、死んだはずのニノマエによって組織化されたスペックホルダーたちは、人類との覇権争いに乗り出す。