幼い頃に別れた父のような偉大なハンターになるために旅を続けるゴンとその親友キルア。ある日彼らのもとに、仲間のクラピカが何者かに眼を奪われたとの知らせが届く。彼は、危険度Ｓクラスの盗賊集団“幻影旅団”に皆殺しにされた“クルタ族”唯一の生き残りで、クルタ族特有の美しい瞳“緋の目”を持つ少年だった。一命を取り留めたクラピカのもとに駆けつけたゴンとキルアは、犯人の行方を追って捜査を開始するが…。