1999年。世紀末のこの年、世間をさわがせている大怪盗がいた。その名は「怪盗キッド」。そのキッドからインペリアル・イースター・エッグを盗むという予告状が届いた。キッドを追い大阪へ向かうコナン。キッドの予告状を解いたコナンと平次だが、二人の目の前でキッドは悠然とエッグを盗んでいく。追うコナン。コナンがキッドを追い詰めたその時、銃声が響きわたった…。エッグにはいったいどんな謎が…。挑戦するコナンの前に、古びた古城が写し出された。古城に着いたコナンたち。だが、城の中で新たなる殺人事件が。密かに城に侵入した少年探偵団にも危機が迫る。コナンたちは無事、エッグの謎を解くことはできるのか。