謎の男から依頼を受け、横浜へとやって来た小五郎とコナンたち一行。しかし、その男の罠にはまり、蘭や少年探偵団たちが人質にとられてしまう。タイムリミットは12時間。その間に依頼されたある事件の真相を解かないと、蘭たちに取り付けられた爆弾が爆発してしまう。さらにその男は、コナンの正体が工藤新一であることを知っていた！ “西の高校生探偵”服部平次や、怪盗キッドも登場!! 刻一刻と迫るタイムリミット。コナンたちは、事件の謎を解き、時間内に蘭たちを無事救い出せるのか!? そして謎の依頼主、黒い影の正体とは…。