千年ぶりとなる彗星の来訪を一か月後に控えた日本。田舎町に暮らす女子高校生・三葉は憂鬱な毎日を過ごしていた。ある日、自分が男の子になる夢を見る。見覚えのない部屋、見知らぬ友人、目の前に広がるのは東京の街並み。都会での生活を満喫する三葉。一方、東京で暮らす男子高校生・瀧も奇妙な夢を見た。行ったこともない山奥の町で、自分が女子高校生になっているのだ。繰り返される不思議な夢、明らかに抜け落ちている記憶と時間。二人はお互いが入れ替わっていることに気付く。何度も入れ替わる事に戸惑いながらも、現実を少しずつ受け止める二人。残されたお互いのメモを通して、状況を乗り切っていく。しかし、気持ちが打ち解けてきた矢先、突然入れ替わりが途切れてしまう。自分たちが特別に繋がっていたことに気付いた瀧は、三葉に会いに行こうと決心。辿り着いた先には、意外な真実が待ち受けていた…。