フォッサマグナに眠る古代の化石たちが一つに結集し、巨大な妖怪獣へと姿を変えた！向かう先は東京。 このまま妖怪獣の進撃を許せば、人間も妖怪たちもタダでは済まない。 この危機に妖怪たちは、伝説の武神『大魔神』の力を借りるため、伝説の妖怪ハンター・渡辺綱の血を受け継ぐ気弱な少年・渡辺ケイに白羽の矢を立てる。 しかし、ひょんなことから、ケイと間違えて弟のダイが妖怪たちに連れ去られてしまう！ダイを助けるため、ケイは謎の妖怪剣士・狐面の女の導きで大魔神のもとへ向かうが、人間嫌いの狸の大妖怪・隠神刑部がケイと妖怪たちに待ったをかける。 そして渡辺綱の末裔であるケイの命を狙う、鬼の一族が姿を現わすのだった。はたして、選ばれた少年・ケイは弟を救い、大魔神をよみがえらせ、妖怪獣を止めることができるのか? すべてを巻き込んだ妖怪大戦争がついに始まる！