城北天文台の助手・磯部は、ある晩、不思議な形をした謎の発光体を発見する。やがて、世界中でUFOが目撃され、ヒトデ型の宇宙人・パイラ人が東京を襲う。さらに、死の惑星・Rが地球に接近。人類の危機を救う鍵は、松田博士の発見した方程式にあったが…。