放射能汚染により、絶滅の危機に瀕したS-1星。レーガン博士は惑星の汚染を消し去る計画を提唱するが、軍部を牛耳るガットラーは、居住可能な惑星を侵略し移民してしまおうとクーデターを起こし、ガットラーは皇帝を暗殺し権力を掌握。レーガンの息子であるマリンは、皇帝殺しの濡れ衣を着せられ、亜空間戦闘機パルサバーンでガットラーに戦いを挑むが、船団のワープに巻き込まれ、西暦2100年の地球へと飛ばされてしまう。その地球は、まさにガットラーの理想とする惑星......侵略の魔の手より地球を守るため、バルディオスが戦いを挑む! !