時は慶安四年、三代目将軍家光の治世。表向きには安泰の徳川政権も、江戸の街には浪人やら押し込み野盗などが溢れ、伊賀忍者の頭目・下の服部半蔵もまた、大名屋敷を専門に狙う盗賊としてそこに棲息していた。そんな中、三代将軍・家光が急死。江戸城内が混乱を極める中、幼少の新将軍・家綱をさらって権力維持を画策する松平伊豆守と、家綱を守ろうとする補佐役・会津藩主の保科正之とが対立。この老中間の熾烈な権力争いに巻き込まれた忍びの二大勢力“伊賀”と“甲賀”もまた、水面下で激突する!