夏休みを楽しんでいた忍術学園の猪名寺乱太郎(加藤清史郎)、摂津のきり丸(林遼威)、福富しんべヱ(神月朱理)の3人。しかし、夏休みの宿題に全く手をつけていなかった3人は、教科担当・土井先生(内博貴)の補習を受けることに。そんな中、刀鍛冶の六道辻ヱ門(栗塚旭)の妖刀・極楽丸が盗まれるという事件が発生。そこで、学園長・大川平次渦正(芦屋小雁)は、乱太郎たちに極楽丸を取り戻すよう命じる。この実習にチャレンジする過程で夏休みの宿題の答えも得られるはずだと学園長から聞いた3人は大ハッスル。早速、極楽丸の在り処といわれるドクタケ城へと向かうが・・・。