「史上最恐の劇場版」での出来事から1年半後。異世界に飲みこまれた工藤と市川は、今もまだ行方不明となっている。そしてそれと同時に、突如新宿の上空に出現した《巨人》。政府当局が調査した結果、危険性は無いと判断され、現在はその異様な存在を無視して人々は生活を送っている。一方、ひとり現世に残された田代は、《巨人》の謎を解明し、工藤と市川を救い出すために調査を続けていた。そして、都内各所で発見されている不気味な人形が《巨人》に関連していると推測するが、決定的な証拠までは辿り着けずにいた。そんな田代の前に、“ある男”が現れるが…。