春日部で平和に暮らしていたしんのすけが何故か突然戦国時代へとタイムスリップしてしまう。そこでひょんなことから、歴史上討たれるはずだった侍を救ってしまう。歴史を変えてしまうわけだが、そんなことはどこ吹く風とばかりに、しんのすけは政略結婚に巻き込まれたり、戦で戦ったり、と戦国時代でも大暴れ。 そして、後から何とか車で（？）追っかけてきたひろし達とも再会をするものの、歴史の荒波は一家を大きく変えていく･･･ 果たしてしんのすけ達はどうなってしまうのか？ そして、変えられてしまった歴史はどうなるのか？