梅雨の季節、みんなはジャムおじさんから、雨はドラゴン島にいるドラゴンが降らせるという話を聞いた。ところが、そのドラゴン島にばいきんまんたちがやってきた!その目的は、島に眠る緑の玉を手に入れ、世界中にバイキンの雨を降らせること。しかし、そこで彼らが見たのは、飛べないドラゴンの子、ちびごんだった・・・。