「機動戦士Ζガンダム」の劇場化第一弾。宇宙世紀0087年。ティターンズとエゥーゴの対立で、宇宙は再び戦乱の時を迎えた。エゥーゴのパイロット・カミーユは、クワトロがシャアであることを知る。一方、地球に幽閉されていたアムロもまた動き出そうとしていた。新時代の流れは、次第に三人を結びつけていくのだった。