アムロとシャアの13年に及ぶ宿命の対決に決着がつく、シリーズ最終章。宇宙世紀0093、シャアがネオ・ジオン総帥に就任、地球に宣戦を布告した。ブライト率いる連邦軍の独立部隊、ロンド・ベルに所属していたアムロは、最新型のνガンダムに搭乗して出撃する。アムロはシャアの野望を阻止することができるのか？