宇宙世紀0079年、人類は宇宙ですら戦場に変えてしまった。世界の人口の半数を死に至らしめたブリティッシュ作戦・コロニー落としを実行し突き進むジオン公国軍。それに対し、劣勢を挽回すべく圧倒的な戦力で挑む地球連邦軍。交錯するザビ家の陰謀、変えがたい運命に翻弄されるセイラ・マス、ジオン軍のパイロットとなってしまったランバ・ラルやハモン、サイド7で平穏に暮らすアムロやフラウの日常生活にも暗い影が訪れようとしていた―。そして、復讐に駆られたジオン軍のエース、シャア・アズナブルの「赤い彗星」としての伝説が誕生する。