宇宙世紀0079年1月23日、サイド5、ルウムでジオン、地球連邦の雌雄を決する戦いが始まった。圧倒的劣勢に追い込まれたジオンは、秘策である人型兵器「モビルスーツ」で編成した特別強襲大隊を投入し戦況を一気に逆転させ、大勝利を収める。なかでも、ジオン軍のシャア・アズナブルは、赤いモビルスーツ「ザクⅡ」で戦果を上げ少佐に昇進、「赤い彗星」の異名をとる。ルウム会戦後、地球連邦軍はジオンに反撃すべく「V作戦」を計画。その裏側で、サイド7の少年アムロ・レイは自ら行動し、新兵器「ガンダム」の秘密を探っていた。一方、地球の南極大陸でのジオン、地球連邦の両軍の高官がそろう早期和平交渉の場でルナツーから世界中にある声明が発信される…。