高校生活最大のクライマックス、修学旅行当日。奇面組メンバー一堂零、冷越豪、出瀬潔、大間仁、物星大は新幹線の時間に遅刻寸前。出くわした零の永遠のライバル・春曲鈍と駅までの道を競い合う。そんな二人を心配して駅で待つ河川唯、宇留千絵。奇面組の担任教師・事代作吾はまた大問題を起こさないか気が気でない。かたや、一応高校の、その他の名物集団、腕組、色男組、番組、御女組の各リーダーたちも、高校生活の最大のイベント、修学旅行を彼らの流儀で満喫するつもりだ。担任教師たちの心配をよそに、新幹線は出発の時刻を迎えるのだった。そんな彼らが目指す京都・奈良では、アフリカの奥地で動物に育てられた少女・エルザと彼女を探す科学者・本間屋博士の姿が。謎に包まれた凄腕スナイパーを巻き込み、一応高校の修学旅行に危機が訪れる？(C) 新沢基栄／集英社・2020舞台『ハイスクール！奇面組３』製作委員会