フロリダ海岸に新しい国道が建設されることになり、サンディ（ルーク・ハルピン）の一家は立ち退きを迫られる。サンディと仲良しのイルカ、フリッパーも居場所が無くなる為、水族館に引き取られる事になるが、諦めきれないサンディはフリッパーと共にボートで家出をしてしまう。やがてサンディとフリッパーは無人島に辿り着き、なんとか生活を始めるのだが、この島には刑務所を脱獄した囚人達が潜んでいたのだった…！