戦国時代。琵琶湖に近い化霞谷に金目教と名乗る新興宗教が興り、急速に勢力を拡大しつつあった。そこで、織田信長の侍大将・木下藤吉郎は軍師・竹中半兵衛にその正体を探るよう命じる。竹中は赤影、青影、白影の3人の忍者を呼び寄せて調べ上げる。