誰も気づいていないが、関東と関西は人知れず覇権争いをしている。その陰でうごめくのは忍者たち。関西の忍者の末裔はいつも関西を首都にするべく関東に嫌がらせをし続けている。東京の「女子高」にやってきた4人の転校生。それはまさに、東京を守るために送り込まれた忍者の末裔・JKニンジャガールズだった！今回の指令は「東京タワー消滅作戦を阻止せよ！」忍術で東京タワー消滅を企む4人の忍者オヤジーズたちが同じ女子高生に憑依して紛れ込んでいるらしいが…。女子高生の身体を乗っ取った悪の忍者を見つけ出し、指令を全うすべく4人は動き出した…。（C）2017「JKニンジャガールズ」製作委員会