最強はエイリアンか、ニンジャか？ これが世界が驚愕した究極の異種格闘バトルエンタテインメントだ！時は戦国時代、天正伊賀の乱の頃。宇宙から飛来した未確認飛行物体が、織田軍が迫る伊賀の里近くの森に不時着する。伊賀の上忍は、それを織田の新手の武器と思い、耶麻汰、陣内、寝隅の3人の使い手たちを送り込んだ。しかし、不時着した謎の物体から現れたのはエイリアンで、その鋭い牙と爪で仲間たちを八つ裂きにしていく！耶麻汰たちは、忍びとして一撃必殺の罠を仕掛け、エイリアンに反撃を企てるのだが・・・。