超高度ネットワーク社会の中で凶悪化する犯罪に対抗するため、政府は精鋭サイボーグによる、非公認の超法規特殊部隊を結成。公安9課・攻殻機動隊である。ある日、攻殻機動隊に、国際手配中の「通称：人形使い」が日本に現れるという情報が届く。草薙素子は、犯罪の中に見え隠れする「人形使い」の影を追う。