南北戦争の最中、気球に乗って戦場から脱出した捕虜たちは、嵐に流され見知らぬ島にたどり着く。そこには、通常の何倍もの大きさの生物が生息していた。後から流れ着いた二人も加えサバイバル生活が始まるが、島にはもう一人、奇妙な人物が生活していた。それは、伝説の潜水艦ノーチラス号のネモ艦長だった・・・。